Der Rothallenweiher entstand vermutlich nach 1900 infolge einer Auswaschung von Gips im Felsuntergrund (gipshaltige Keuper-Gesteine). Da der herausgelöste Hohlraum nicht genügend stabil war, brach er in sich zusammen und bildete eine Doline (Einsturztrichter). Diese füllte sich mit Wasser, weil hier die Deckenschotter von einer wasserdichten Lehmschicht überdeckt sind.
Foto H.P. Meier, 13.2.2008
Die Wasserzufuhr erfolgt vermutlich unter dem Wasserspiegel vom Weihergrund oder von der Seite her. Die Ufervegetation fehlte ursprünglich weitgehend. Sie konnte sich erst entwickeln, als Anfang der 1990er-Jahre einige Pflanzen eingebracht und zur Verbesserung des Lichteinfalls die ufernahen Buchen entfernt wurden.
Foto H.P. Meier, 28.6.2008
Die fragmentarisch ausgebildete Röhricht-Gesellschaft setzte sich anfangs der 1990er-Jahre aus Gelber Iris, Rohrkolben, Igelkolben und Flatterbinse zusammen. Heute ist der Röhrichtsaum wieder verarmt. Auch die Schwimmblatt-Gesellschaft mit Seerose, Schwimmendem Laichkraut und Ährigem Tausendblatt ist verschwunden.
Laichballen
Foto H.P. Meier, 5.3.2008
Zur Paarungszeit im März findet sich im Weiher jährlich eine grosse Grasfroschpopulation zu ihrem Laichgeschäft ein. Die zahlreichen Laichballen können jeweils mehrere Quadratmeter der Wasserfläche bedecken.
Laichballen und Grasfrosch
Foto H.P. Meier, 5.3.2008
Das Naturschutzgebiet hat eine grosse Bedeutung für altholzbewohnende Arten wie Fledermäuse, Spechte und Bockkäfer. Zudem weist es eine aussergewöhnliche Vielfalt an Pilzarten auf. Deshalb drängt sich eine verstärkte Lenkung der Erholungsnutzung auf, denn die Vegetationsdecke ist in der Umgebung des Rothallenweihers bereits stark geschädigt. Eine derart starke Trittbelastung beeinträchtigt nicht nur die Pilzflora, sondern das Bodenleben insgesamt.
Text aus Heimatkunde Muttenz 2009, S.64, Autor Paul Imbeck
Literaturtipp: Muttenzer Höhenweg: Rothallenweiher Kap. 17
Muttezer Sagewäg: Der Rothallenweiher
Aktuell: Besucherführung mit Steg
Bildquelle: Muttenzer Anzeiger vom 22. Juli 2011
Im Dezember 2011 beschloss die Gemeindeversammlung, dass beim Rothallenweiher zum Schutz des Waldes die Besucher nicht mehr auf dem Boden, sondern so zu lenken sind, dass das Naturschutzgebiet auf einem Steg begangen wird. So kann sich der Waldboden in diesem Gebiet erholen und Unterholz und Sträucher können (nach-)wachsen.
Jetzt wurden im Juli 2011 mit Hilfe von Schülerinnen und Schülern dieser Steg gebaut.
Siehe auch: 
LEK